A partir des années 1550, va se développer, singulièrement dans l’Ouest de la France, la religion protestante, notamment dans les classes les plus élevées et instruites de la population. La Rochelle, aux échanges culturels et commerciaux si importants avec les pays gagnés par les autres religions chrétiennes, dont l’Angleterre et les Pays Bas, va devenir la capitale du calvinisme français grâce à des prédicateurs genevois.

Le protestantisme est aussi un moyen d’affirmer pour des grands seigneurs ( Rohan, Soubise..) leur opposition au pouvoir royal catholique et d’ affirmer leur indépendance. Jusqu’en 1598 et l’Edit de Nantes de Henri IV, protestant converti, l’Ouest va être le théâtre de 6 guerres de religion, se traduisant par de nombreuses destructions de merveilles architecturales religieuses et des assassinats en chaine.    

Pour Ars et son église, la première conséquence fut, comme déjà indiqué, la destruction de l’abbaye de Saint Michel en l’Herm, qui avait présidé aux destinées matérielles et spirituelles du village depuis 5 siècles et la domination protestante pendant cette période

La seconde fut l’interdiction à une population restée majoritairement catholique à Ars, de pratiquer son culte, de 1585 à 1591.

La troisième fut de devoir supporter divers raids royaux comme celui de Montluc

Une paix protestante s’instaura peu à peu, après l’échec du premier siège de La Rochelle subi par les troupes royales en 1573. La Rochelle, devenue presque une république indépendante, un port franc attirant de multiples trafics maritimes, ayant une flotte pratiquant la lucrative « course » contre les galions espagnols, la capitale, étant le refuge de riches protestants, se trouva, pendant 40 ans environ, gorgée de richesses et de capitaux désireux de s’investir. Toute l’ile de Ré connut un développement considérable et particulièrement Ars, où le comblement de la passe du Martray rendait disponible de vastes espaces propices à l’établissement de marais salants nécessitant de gros capitaux pour leurs réalisations mais offrant ensuite une rentabilité intéressante. Il va résulter de ces investissements un boom économique et démographique : Selon le notaire local, de 1586 à1596, on vit doubler le nombre de maisons, donc d’habitants. Et il fallut, pour satisfaire les besoins spirituels divers dans un climat religieux apaisé, construire au plus vite un temple et une extension de la petite église romane du village : Ce fut l’église gothique, rapide à construire avec les pierres d’une partie de la muraille entourant l’église romane, devenue inutile espérait-on, dans le climat de paix et de concorde retrouvé. Hélas, le bon roi Henri, aux nombreux liens avec la Rochelle, fut assassiné en 1610. Ars et Ré allaient connaitre dans les années 1620, sur leur sol, une guerre sanglante de souveraineté, sur fond religieux.