L’expansion de la population d’Ars liée à la période de prospérité des XI-XIIème siècles, avait eu pour conséquence la construction puis l’embellissement de l’église romane. En 1568, la destruction par les protestants de l’abbaye de Saint Michel en l’Herm, la « tutrice » temporelle et spirituelle d’Ars, a fait perdre au village et à son église la plupart des archives de 5 siècles. Quelques faits cependant :

-Les guerres : Cette période commence avec la réunion de la Grande Aquitaine à l’Angleterre à la suite du mariage d’Aliénor d’Aquitaine et se termine pratiquement lors de la bataille de Castillon en 1453, mettant fin à la présence anglaise dans la région. Elle vit se dérouler deux « guerres de 100 ans « amenant leur lot de destructions, de pertes humaines et d’appauvrissement. Ars n’y échappa pas toujours…

 - De grandes épidémies comme la peste noire qui, dans les années 1350, tua de 30 à 50% des européens en 5 ans. Ars, isolée géographiquement mais ayant beaucoup de contacts maritimes pour exporter son sel, son vinaigre et son eau de vie, n’a pu y échapper.

Un évènement plus local mais majeur et lourd de conséquences pour l’église et son village, eut lieu :

- Le passage d’eau, au Martray, entre les iles de Ré et d’Ars disparut vers 1450. Ars n’est plus une ile en soi. Avec plusieurs conséquences : La sécurité d’Ars face aux attaques par voie terrestre, venant du sud, devint plus précaire : C’est sans doute à cette époque que fut créée une haute et large muraille entourant l’église et un enclos pouvant constituer un refuge pour la population et son bétail. Ainsi fut laissé libre de toute construction, en plein centre du village, le terrain qui allait permettre de créer plus tard l’église gothique, sans avoir à détruire l’église romane.

 Le clocher roman carré, quant à lui, fut surmonté du clocher gothique octogonal actuel, peut être en deux temps, constituant un amer pour les navigateurs mais aussi un poste de guet permettant de voir au loin arriver l’ennemi.

-Autre conséquence cruciale pour le futur : les violents courants de marée dans le Fier d’Ars disparaissent, celui-ci devenant une immense baie très peu profonde : les dépôts d’alluvions argileuses malléables, le brai, la comblant peu à peu, vont permettre de créer les sols plats imperméables nécessaires aux aires saunantes, lieux de la récolte du sel. Cela va rendre possible l’agrandissement considérable des marais salants de la fin du XVIème siècle, jusqu’au milieu du XIXème siècle, donc de la richesse, de la population et … du nombre de paroissiens. La construction d’une église plus vaste devient nécessaire. Elle sera financée par les habitants, devenant une église paroissiale et non plus prieurale et dépendant des moines de Saint Michel en l’Herm : Alors que, dans les années 1600, règne depuis longtemps le style Renaissance, cette nouvelle église sera curieusement édifiée en style gothique tardif…